大便不成形两个月腰疼可能与慢性肠炎、腰椎间盘突出症等因素有关，需针对具体病因进行针对性处理。
慢性肠炎是由细菌、病毒或其他微生物感染引起的肠道炎症反应，炎症刺激会导致肠道蠕动加快，水分丢失过多，从而出现大便不成形的情况；而腰椎间盘突出则会引起神经根压迫，导致腰部疼痛。针对不同的病因，其治疗方法也不同，因此需要在医生指导下使用药物进行治疗，如双歧杆菌三联活菌胶囊、蒙脱石散等调整肠道微生态，以及布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片缓解腰痛。
如果患者还伴有腹泻、腹胀等症状，则可能是由结肠病变所致，如溃疡性结肠炎或结肠癌。这些疾病可能导致结肠运动功能障碍，进而影响粪便的正常排出，引起上述症状。此外，若患者存在长期久坐不动的生活习惯，也可能因缺乏体育锻炼而导致肌肉萎缩，此时会出现腰痛的现象。
在诊断明确之前，应避免食用高脂肪、辛辣食物，以减少肠道负担，同时注意休息，避免长时间保持一个姿势，以免加重腰痛症状。
